По умолчанию путь для всех команд, вызываемых из диспетчера X window, наследуется от XDM. Использование чего-то отличного от этого должно быть установлено явно. Чтобы запустить эмуляцию терминала с "нормальными" путями, нужно использовать специальную опцию. В xterm опция -ls (login shell) должна использоваться, чтобы получить пути определенные в скриптах инициализации оболочки.